संस्थान के अध्यक्ष, केंद्रीय गृह मंत्री हैं और राष्ट्रीय आपदा प्रबंध प्राधिकरण के उपाध्यक्ष संस्थान के उपाध्यक्ष हैं | इसके अतिरिक्त संस्थान की प्रबंध संरचना में 42 अन्य सदस्य शामिल हैं, जिनमें विभिन्न नोडल मंत्रालयों के सचिव, भारत सरकार एवं राज्य सरकारों के विभिन्न विभाग एवं वैज्ञानिक अनुसन्धान और तकनिकी संगठनो के प्रमुखों के अतिररिक्त प्रख्यात विद्वान, वैज्ञानिक एवं चिकित्सक शामिल हैं |

संस्थान का अपना एक प्रबंध निकाय है जिसमे 16 सदस्य शामिल हैं, जिसके अध्यक्ष राष्ट्रीय आपदा प्रबन्ध प्राधिकरण के उपाध्यक्ष एवं केंद्रीय गृह सचिव उपाध्यक्ष हैं |

संस्थान के पास प्रशिक्षण सेल के अतिरिक्त छः विभाग हैं | संस्थान के कार्यकारी निदेशक, जो संस्थान एवं इसके प्रबंध निकाय के सचिव भी हैं, संस्थान के दैनिक प्रशासनिक कार्यों की देखरेख करते हैं |

संगठनात्मक ढांचा